1、工程量之争。土建工程的工程量之争主要集中在合同生效后增加的工程量及对隐蔽工程的详细数据未做三方（发包方、承包方与监理公司）签字的记录，仅凭承包方施工日记进行结算，发包方提出异议。安装工程的工程量之争，主要集中在隐蔽在墙体中的管线铺设记录与确认问题。
2、计费系数之争。该争议主要是由于承包方资质变更或者施工队属于挂靠单位或者承包方由不同资质的单位合作组成，资质之争表现在结算领域就是计费系数之争。
3、大型机械租赁费用的计费之争。许多建设工程需要承包方对外租赁大型机械设备，例如台搬等。按照建筑行业惯例，这些大型机械的租金应该在工程款外另行计费，特别是为了赶工期时，更是如此。承包人租赁时一般有说明，发包方为赶工期也不否认，但进行工程结算时发包方总觉得在合同款外另行支付设备租金不合算，认为承包方使用的机械应该由承包方自行负责，总找理由拒付。
4、竣工决算时间之争。建设工程承包合同签署之前承包方会提交一份预算报告，工程竣工后再由承包方提出决算报告，然后报经发包方审核，达成一致后由发包方支付。承包方提交决算报告的前提是工程竣工。竣工这一概念在建设工程领域本来是一个无争议的技术概念，即合同项下的工程量已完成。
5、违约之争。无论承包方的逾期竣工，还是发包方未能提供施工进场的条件（如施工现场未能通水、通电、通路等）、中期擅改设计、未按形象进度支付进度款、建设工程材料不能及时供应从而造成停工、窝工等情形，最终都以违约金的形式反馈到工程款的结算中。违约之争在建设工程结算纠纷中比较常见。
6、建筑材料品质之争。建设工程招投标时对工程主要建筑材料品质有所要求或承诺，但由于建筑材料市场供求关系的影响，有时使得承包方转而采用合同外的其他建材，因此引起结算纠纷是不可避免的。
7、总包与分包之争。由于现代社会的分工越来越细，实际上一个大型建设工程难以由单一的总承包商完成，而且有些劳务作业需要大量的人力，也无法由总承包公司独立完成。因此，总承包单位承揽建设项目后经建设单位同意，一般都会将其中的专业工程和劳务作业分包相应的分包单位。如果发包方就全额工程款结算完毕，则发生结算争议的可能性较小，如果发包方只进行部分结算，则很容易酿成总承包单位与分包单位的争议。
8、5％尾款之争。建设工程竣工移交后，承包人按照合同要求应在一年内进行保修。为了保证承包方履行保修义务，发包方一般在合同中约定工程款支付95％工程款后，余下5％工程款留待一年保修期满后再行支付。有的合同采取工程款先付，由承包方另行出具5％工程款的银行保函加以保证。5％尾款争议的原因在于承包人是否在保修期内适当履行了保修义务。
一、工程款包括哪些内容？
工程款按支付阶段不同通常可分为预付款、进度款、竣工结算款和质保金。
1、预付款。预付款指开工前发包人应预付给承包人用于为合同工程施工准备的款项。施工准备事项包括购置材料、工程设备、施工设备、修建临时设施以及组织施工队伍进场等。预付款比例一般不低于合同金额的10％，不高于合同金额的30％。
2、进度款。进度款指施工期间发包人根据工程完成情况应支付给承包人的一种工程价款。在工程实践中，发包人同意支付进度一般为合同价的70％。
3、结算款。结算款，即竣工结算款，指工程竣工结算后发包人应该支付给承包人的除质保金外的剩余工程价款。竣工结算款等于竣工结算价减去质保金和已付款后的金额。竣工结算款支付的前提条件是工程竣工验收合格。
二、工程纠纷处理的基本方式
1、和解。和解是民事纠纷的当事人在自愿互谅的基础上，就已经发生的争议进行协商、妥协与让步并达成协议，自行（无第三方参与劝说）解决争议的一种方式。通常它不仅从形式上消除当事人之间的对抗，还从心理上消除对抗。和解可以在民事纠纷的任何阶段进行，无论是否已经进入诉讼或仲裁程序，只要终审裁判未生效或者仲裁裁决未作出，当事人均可自行和解。
2、调解。调解是指双方当事人以外的第三方应纠纷当事人的请求。以法律、法规和政策或合同约定以及社会公德为依据，对纠纷双方进行疏导、劝说，促使他们相互谅解，进行协商，自愿达成协议，解决纠纷的活动。
3、仲裁。仲裁是当事人根据在纠纷发生前或纠纷发生后达成的协议，自愿将纠纷提交第三方（仲裁机构）作出裁决，纠纷各方都有义务执行该裁决的一种解决纠纷的方式。
4、诉讼。民事诉讼是指人民法院在当事人和其他诉讼参与人的参加下，以审理、裁判、执行等方式解决民事纠纷的活动，以及由此产生的各种诉讼关系的总和。
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