一般可以按迟到的分钟数来扣工资;但是迟到的时间较长的，则可以按单位依法制定的其他办法来扣工资。如果因劳动者的原因给单位造成经济损失的，单位扣除其工资的标准是每月不得超过其工资的20%。
另外用人单位在决定关于劳动报酬等涉及员工切身利益的规章制度时，应经过全体职工讨论并提出方案和意见来进行协商确定。如果有员工因为迟到导致用人单位的经济损失的，可按照劳动合同来要求其赔偿损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除。若扣除后的剩余工资部分低于当地月工资最低标准，则按最低工资标准支付。
由此可见，公司可以根据自身特点制定本公司员工管理章程。以上内容就是为你整理的关于迟到扣工资标准的相关知识，希望在工作和学习中能够帮助到您。
法律依据：
《工资支付暂行规定》
第七条
工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
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