三年不在一起可以起诉离婚。根据《中华人民共和民法典》，夫妻一方要求离婚的，可以通过调解或直接向提起离婚诉讼。如果感情确已破裂，调解无效，可以在一次开庭后判决解除婚姻关系。分居几年并非离婚的必要条件，而是在审理时判断感情是否破裂的依据。
法律分析
一、三年不在一起是否可以起诉离婚
1、三年不在一起是可以通过起诉离婚的。且若当事人起诉离婚的，人民经审理认为夫妻感情确已破裂的，调解无效的，可以在一次开庭之后判决双方解除婚姻关系。
2、法律依据：《中华人民共和民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
(一)重婚或者与他人同居；
(二)实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
(三)有、吸毒等恶习屡教不改；
(四)因感情不和分居满二年；
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
二、分居几年可以起诉离婚
法律上不存在分居几年可以起诉离婚的问题，婚姻是公民的自由权利，一方不同意离婚的，另一方可以向人民提起离婚诉讼。若是属于因感情不和分居满二年情形的，人民在审理时可以更加清楚地认定夫妻双方感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
结语
根据《中华人民共和民法典》第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以通过调解或者向人民提起离婚诉讼。如果经过调解后感情确已破裂且调解无效，人民可以在一次开庭之后判决双方解除婚姻关系。对于因感情不和分居满二年的情况，人民在审理时可以更加清楚地认定夫妻双方感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。因此，三年不在一起是可以起诉离婚的。
法律依据
中华人民共和国民法典：第四章 离婚 第一千零七十七条 自婚姻登记机关收到离婚登记申请之日起三十日内，任何一方不愿意离婚的，可以向婚姻登记机关撤回离婚登记申请。
前款规定期限届满后三十日内，双方应当亲自到婚姻登记机关申请发给离婚证；未申请的，视为撤回离婚登记申请。
中华人民共和国婚姻登记条例：第三章 离婚登记 第十二条 办理离婚登记的当事人有下列情形之一的，婚姻登记机关不予受理：
(一)未达成离婚协议的；
(二)属于无民事行为能力人或者民事行为能力人的；
(三)其结婚登记不是在中国内地办理的。
中华人民共和国民法典：第四章 离婚 第一千零八十条 完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。