如何去获得plink的ped和map文件
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发布时间：2022-04-23 09:01
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热心网友
时间：2022-06-18 18:53
BED文件格式是一个可变方式的数据线，用来描述注释的数据。建议用plink转换为.map和.ped格式，其中ped文件中的数据就是想要的。用EditPlus打开即可。或者用excel可以打开。BED线有3个要求的字段和9个额外的字段。每条线的字段数目必须是任意单条数据的在注释上一致。可选字段的序试结合低数字的字段必须流行如果高位字段被使用。首先是三个要求的BED字段：1.chrom,染色体或scafflold的名字(egchr3，chrY,chr2_random,scaffold0671).2.chromStart染色体和scaffold的起始位置，第一个染色体的位置是0.3.chromEn染色体和scaffold的结束位置，染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如，首先得100个碱基的染色体定义为chromStart=0.chromEnd=100,碱基的数目是0-999个额外的可选BED字段是:1.name定义BED的名字2.score0到1000的分值，如果track线在注释时属性设置为1，那么这个分值会决定现示灰度水平，数字越大，灰度越高。下面的这个表格显示GenomeBrowser3.strand定义链的''+”或者”-”4.thickStart开始的位置，这个特征是画thickly(例如，在开始的编码显示基因的显示5.thickEnd结束的位置，这个特征是画thickly例如，在结束的编码显示基因的显示 6.itemRGBAnAGB值的形式,R,G,B(eg.255,0,0),如果tracklineitemRgb属性是设置为'On”,这个RBG值将决定数据的显示的颜色在BED线。注意，它推荐简单的颜色方案(eightcolororless)是用作这个属性避免颜色资源在基因组浏览器上过多7.blockCountBED线在exon的block数目8.blockSize用逗号分割blocksize,这个item的列表对应于BlockCount9.blockStarts-用逗号分割的列表,所有的blockStart位置应该被计算相关于chromStart,这个数字的项应该对应于blockCount
热心网友
时间：2022-06-18 18:53
可以使用vcftools 使用--plink命令就可以了
